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Fino alla metà degli anni ‘80, la laguna salmastra di Val Stagnon e le sue immediate vicinanze, andavano a costituire un’area di grande valore naturalistico caratterizzata da un ecomosaico complesso formato da secche, barene, velme, canneti, paludi salmastre e d’acqua dolce, prati umidi e cespuglieti. Questi habitat così diversi, offrivano nel corso dell’anno rifugio, risorse alimentari, siti di nidificazione, possibilità di riposo e ristoro nel corso delle migrazioni ad un’avifauna numerosa e diversificata tanto che, nel periodo compreso tra l’anno 1979 e l’anno 2000, erano state censite all’interno della Riserva di Val Stagnon 200 specie di uccelli (75 nidificanti e 125 di passo durante i periodi migratori primaverili ed autunnali). In seguito però, il Comune di Capodistria ha approvato un progetto che prevedeva la trasformazione dell’intero comprensorio in una zona ad indirizzo industriale/commerciale ed a tale fine ha avviato dei massicci lavori di bonifica con l’interramento di vaste superfici e la deviazione dei due fiumi che alimentavano le zone di palude. A peggiorare la situazione di degrado, infine, contribuì la trasformazione in discarica di sostanze organiche di alcune aree.
E’ a questo punto, nell’anno 1993, che DOPPS-BirdLife Slovenia interviene a tutela dell’ambito. Un lavoro impegnativo e difficile, svolto dai responsabili dell’organizzazione, dai numerosi volontari e dai supporters di BirdLife che, nel giro di 5 anni, ha portato alla stesura di una specifica legge di tutela della Riserva Naturale di Val Stagnon. Nel 1999, poi, il Governo della Repubblica di Slovenia ha scelto proprio il DOPPS quale concessionario per la gestione della riserva. Attualmente DOPPS, in collaborazione con il Ministero dell’Ambiente e del Territorio, con l’Istituto della Repubblica di Slovenia per la Tutela della Natura e con l’Unità Territoriale di Pirano, è impegnato nelle opere di rinaturalizzazione e di preservazione a lungo termine dell’area.
Il programma di tutela e sviluppo della Riserva Naturale di Val Stagnon, per il periodo 1999-2003, approvato dal Parlamento Sloveno nel 1999, definisce come finalità da perseguire nelle operazioni di rinaturalizzazione e gestione della riserva: